Eskişehir’in en köklü eğitim kurumlarından biri olan Atatürk Lisesi, 1800’lü yıllarda "Rüştiye Mektebi" olarak eğitim hayatına başladı. Zaman içinde farklı isimlerle anılan okul, Osmanlı’dan Cumhuriyet’e uzanan zengin bir geçmişe sahip.
Osmanlı döneminde "İdadi Mektebi" olarak lise seviyesinde eğitim vermeye başlayan okul, daha sonra "Sultani Mektebi" adını aldı. Ancak 1920’de Eskişehir’in Yunan işgaline uğraması nedeniyle eğitim faaliyetleri durdu.
2 Eylül 1922’de Eskişehir’in kurtuluşuyla birlikte okul yeniden açıldı ve "Eskişehir Orta Mektebi" adını aldı. 1930 yılında lise ihtiyacı doğrultusunda Cumhuriyet Tarihi Müzesi olarak kullanılan binaya taşındı ve Eskişehir Lisesi oldu.
Gazi Mustafa Kemal Atatürk, 21 Ekim 1932’de Eskişehir ziyaretinde okul yönetimiyle görüşerek bina ihtiyacını dinledi. Bu görüşmenin ardından 16 Ocak 1933’te okulu ziyaret ederek öğrencilere destek verdi ve yeni bir bina tahsis edilmesi için talimat verdi. 4 Mart 1933’te alınan Bakanlar Kurulu kararıyla, hükümet konağı olarak kullanılan bina, Eskişehir Lisesi’ne tahsis edildi.
1959-1960 yıllarında akşam lisesinin de açılmasıyla okul daha geniş bir kitleye eğitim vermeye başladı. 1961’de Atatürk’ün adını yaşatmak amacıyla "Atatürk Lisesi" adını alan okul, 1984-1985 eğitim öğretim yılında akşam lisesini kapatarak tam zamanlı eğitimine devam etti.
Günümüzde 69 öğretmen ve 1468 öğrencisiyle eğitim veren Eskişehir Atatürk Lisesi, büyük bir kütüphane, laboratuvarlar, spor salonu ve öğrenci pansiyonu ile modern bir eğitim kurumu olarak faaliyetlerini sürdürüyor. 1988 yılında anıtsal yapı olarak tescillenen tarihi bina, Eskişehir’in eğitim mirasının en önemli parçalarından biri olarak değerini koruyor.